1905年又下令裁撤国子监，设立学部主管全国教育行政，原来隶属于国子监的算学改隶钦天监，称钦天监算学，八旗官学也被并入新学堂。
可以看到，有清一代，不断有人对当时实行的科举制度提出批评，至清末维新变法，人们对于它的抨击更是尖锐。
从今天的观点看，清代科举制度可以说存在以下弊病:
其一，考试内容陈旧，引导知识分子穷毕生精力从事无用之学。
清代科举考试内容以《四书》为主，即使在当时也存在空疏无用的弊端。
清末维新派曾批评说，有人甚至中了进士都不知道汉武帝、范仲淹是谁。
在这种考试制度下，士子往往以毕生精力读经，而对各种有裨实用的知识无心关注，无暇学习。
顾炎武曾说明代士子平日只读八股文稿，其他书籍一概不读，“有一好学者欲通旁经而涉古书，则父师交相谯呵”，认为没有出息。许多士子皓首穷经，最终老死科场。
到了列强环伺，近代自然科学和社会科学日新月异的19世纪末20世纪初，科举制度下的学习内容就更加显得陈旧，更加不能适应时代的要求。
其二，士人受到严酷的精神摧残，人格破损萎缩。
在清代科举制度下，读书、参试、做官是士人谋求社会地位、经济收入的惟一途径，因此，在各级考试中中式几乎成为他们的第二生命。
为此，科举士人往往数十年寒窗，皓首穷经，付出毕生的心血精力以求取功名，但最终金榜题名者少，名落孙山者多，许多人老死科场。
乾隆四十九年会试，在参试的举人中有年届90岁者一人，80岁以上者20人，70岁以上者5人，结果没有一人中式。
在年复一年的各级考试中，士子须忍受各种凌辱、辛苦和精神折磨。
参考士子入场须经过搜身，考场中要忍饥受冻;出场后提心吊胆，坐卧不安;及到榜发，中式者甚至如《儒林外史》中的范进，欣喜而至于痴迷癫狂，名落孙山者则沮丧颓废，失魂落魄，痛不欲生。
其三，使得士人成为一个寄生阶层、特权阶层和封建政权的附属物。
近代维新派思想家严复曾批评科举制度“滋游手”。
他说，由于“士”不能直接创造物质财富，所以选士“必务精而最忌广，广则无所事事而为游手之民”。
然而在科举制度下，却养了一大群科举士人，致使朝廷无法安置，他们自己也“无以自存”，必然导致国家“为乱为贫为弱”。
严复还说明，在西方国家读书识字是国民所必具的基本素质，而且“四民并重，从未尝以士为独尊”。
然而在中国，“以文字一门专属之士”，使得士成为凌驾于农工商之上的特权阶层。
事实也正是如此，科举士人在清代免纳差徭，有特殊的司法地位。
他们见官不下拜，举人、进士甚至可以拿自己的名片到官府要求拘押他人。
生员穿戴象征自己身份的衣冠，荣耀乡里，包揽词讼，欺压良善的事情时有发生。
封建统治者有意识地用科举功名笼络士人，钳制其思想，用一条无形的绳索将他们同封建王朝的命运连在一起。
使得他们只能在为皇帝卖命的过程中谋求个人的荣华富贵或实现自己的政治抱负，而不致成为封建王朝政治上的异己力量。
科举制度建立之初，唐太宗李世民看到进士们从考场缀行而出时，掩饰不住内心的喜悦，说“天下英雄入吾彀中矣!”
清代国家选官进士、举贡、吏员三途并用，此外还有军功、捐纳等途径，但惟有进士、举贡为正途，科举制度对于士人的笼络束缚作用也就更加严重。
在清代近270年的历史上，举人、进士反叛朝廷者几乎没有。
成为统治者附庸的科举士人，很难正常履行知识分子批评政治、维护社会公正的职能。
通过科举考试，士人还结成盘根错节的宗法性关系网。
清代乡会试的中式者，对主考、房官称座师、房师，自称门生;后对本科的监临复试、朝考、殿试的阅卷官员，也无不认为师生。
童生县试府试的案首对于府县官，入学生员、岁考取列优等因而补廪补增的生员以及拔贡优贡，对于本省学政也无不认为师生。此外，乡会试同科录取的士人互称同年;对于同年的父亲、祖父，称年伯、年太伯，自称年侄、年再侄。
通过这种关系网，士人互相攀援，结党营私，党同伐异，是导致当时政治腐败的一个重要原因。
不过，我们今天回首来看科举制度，也可以发现它的某些积极意义。
首先，它为社会树立了尊重文化知识的价值取向。
在科举制度下，“万般皆下品，惟有读书高”，其轻视体力劳动和社会实践的倾向固然不可取，但它反对“读书无用”的痞子哲学，引导人们学习书本知识，是值得肯定的。
其次，在科举制度下，稍具经济能力的农工商子弟都可以通过参加考试进入官场，“朝为田舍郎，暮登天子堂”，低层社会人士因此可以通过自己的努力而进入中上层社会。
这种社会纵向流动渠道的畅通是吸收民间人才参与国家管理和维护社会稳定的重要条件，清代科举制度在这方面的经验可供借鉴。
第三，作为官员资格的考试制度，科举