1922年12月，是北大建校二十四周年，17日，学校举行纪念大会，蔡元培在会上发表了讲话。
他在讲话中，分三个阶段对北大走过来这24年，进行了回顾与总结。
第一阶段是自开办到民国元年，指出在这十余年间，学校历经波折，其体制主要是模仿日本。开办之初，北京环境多为顽固派所包围，办学的人“不敢过违社会上的倾向”，办学方针实行“中学为体，西学为用”。
教者也好，学者也好，大都偏重于旧学，西学方面不易请到好的教习，学的人也不是很热心，学西学很有些装璜门面的样子。
在蔡元培看来，这一时期，中学方面参用书院的旧法，录取有根底的学生，在教习的指导下，专研一门，倒是很有些研究院的性质。
第二阶段是民国元年到民国六年，“校长和学长率多为西洋留学生，加之国体初更，百事务新，大有完全弃旧之概。教员、学生在自修室、休息室等地方，私人谈话也以口说西话为漂亮”，中学退到了装饰品的地位。
但是，对这一时期，蔡元培称当时的提倡西学，也还是“贩卖”的状况。
第三阶段自民国六年到他讲话的当时，校内提倡研究学理的风气，力求以专门学者为学校的主体，在课程方面也是努力谋求贯通中西。即如西洋发明的科学，固然要用西洋的方法来实验，就是中国固有的学问，也要用科学的方法加以整理。
他的讲话，以中、西学术文化在北大的消长和融合为主线，对北大各个时期的历史和特点，进行了形象的概述，也客观陈述了他自己主政北大六年来的变化。
这么多年过去了，现在回过头来看这个总结，总体来说，还是能经得起历史的考验的。
从这个讲话中，也能看出当时的蔡元培对北大前景，还是有所期待的。所谓，通过历史回顾，让大家看到成绩，看到进步，鼓励大家在困难的时候看到光明，建立起克服困难的决心。
但是，事过不久，蔡元培的思想便发生了变化。
在蔡元培发表这个讲话前的一个月，发生了前面详细介绍过的“罗文干案”。
大家都知道罗文干，是所谓“好人政.府”王宠惠内阁的财政总长。但是，他还有个身份，是北大的兼职教员。
前面提到，因为直系所谓的“法统重光”，曾经在留学回国之初，发誓20年不谈政治的胡适，写了《我们的政治主张》一文。后来在蔡元培等人的赞同和支持下，此文以宣言形式，由一些名流联名发表，这签名的，就有罗文干。
此案虽然一开始，就是众议院的一些别有用心之人的阴谋，但由于案情容易给人造成误解、涉及的问题也很敏感，容易让人产生联想。尽管在案子中，总统黎元洪被人利用，但内阁也是有毛病的，包括罗文干本人，也不是没有错处。
在案子的第一阶段，罗文干虽然受到了非法对待，但毕竟没有什么人身伤害，很快也为罗文干洗清了污点。做为罗文干的朋友，深知其为人和品行的蔡元培，无论如何，这结果还是可以接受的。
但接下来的事情就让人无法忍受了。
事情本来已经搞清，因为实权派曹锟要借题发挥，竟颠倒黑白，闭着眼睛罗织罪名。当时，候任教育总长的彭允彝竟献计对“罗文干案”复议，致使罗文干又一次含冤入狱。
面对彭氏如此的的蹂躏人权，献媚军阀的行径，蔡元培与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟等人商量后，决定采取行动。
他遂于1923年1月17日，愤然提出辞职。
他在辞呈中写道：“数月以来，报章所记，耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于国中……元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。惟有奉身而退，以谢教育界及国人。”
从这封辞职书中，不难看出，蔡元培已经愤怒到了极点。
有人说，“这可能是近代中国最直率，最能体现知识分子气节的辞职书。”
两天以后，他在多报刊出不再到校视事的启事，随即离开北京。紧接着，就发表了那篇著名的《不合作宣言》。
此宣言刊发在1月25日的《申报》上，其中说到：“止见他们一天一天的堕落：议员的投票，看津贴有无；阁员的位置，禀军阀意旨；法律是舞文的工具；选举是金钱的决赛；不计是非，止计利害；不要人格，止要权利。这种恶浊的空气，一天一天的浓厚起来，我实在不能再受了……国务员匆匆的提出再议的请求，又立刻再剥夺未曾证明有罪的人的自由，重行逮捕。而提出者又并非司法当局，而为我的职务上天天有关系的教育当局，我不管他们打官话打得怎么圆滑，我总觉得提出者的人格，是我不能再与为伍的。”
一位哲人说过：“没有正义的地方没有自由，没有自由的地方也就没有正义。”
蔡元培两次最著名的辞职，诞生了两篇杰出的宣言：《不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的宣言》。
他1919年6月15日发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名专制的国家，他的大学何等自由，美、法等国，更不必说了。北京大学，向来