朱天球考绩后，转南京兵部主事，随升南京礼部郎中。不久，擢湖广按察司佥事，分守湖南道。因母亲逝世，归家服丧后，起补广东屯盐佥事，移督广西学政。不久，升浙东分守参议，又提督山东学政，在山东立四隅社学，制定讲课文章和《家礼》、《易经简编》等颁布传习，以除去浮华，崇尚雅正来衡量文章。
嘉靖末，擢南京太仆寺少卿。隆庆元年穆宗即位，朱天球入京朝贺。翌年正月，给事中石星上疏批评穆宗，被黜为民。朱天球不顾个人安危，上疏请求宽宥石星之罪，言辞激烈而恳切。
朝臣交相议论说：“朱君先前是踏虎尾(指冒险至刑场哀吊杨继盛事)，当今则是批龙颔了，若不是忠烈丈夫，安敢如此？”因此，朱天球被调任外官，就辞官回乡。
万历九年，次辅申时行认为朱天球是三朝老臣，提议起用他为广东按察副使，随即内调，升为南京太常寺少卿，历任南京太仆、大理二寺卿，南刑部右侍郎，旋改工部左侍郎至今。
这么两位清官，怎么就被海瑞给弹劾了呢？按理说海瑞平时也就对清官的态度好一点，这次难道改了脾性不成？
朱翊钧忍不住仔细看了下去，看完才知道原因。
海瑞不是弹劾他们二人贪蠹，而是弹劾他们二人不作为。
怎么不作为了？他们二人一个是南京户部二号人物，一个是南京工部二号人物，恰好两人去年都“分管”吴淞江河堤修整工程。
吴淞江河堤修整工程闹出前面那样大的风波，这次又被海瑞认定应该黜落的相关官员高达六十五人，显然是南京近来最大的案件。然而，出了这么大的事，他们二位居然毫不知情，事前也没有任何预防措施，这使得海瑞在弹劾奏疏中愤怒地表示他们二人纯属尸位素餐之辈，根本当不得重任！
因为一件事就被骂尸位素餐，看起来有些冤枉，不过真要仔细想想，其实海瑞这样骂也不能说没有道理。
吴淞江河堤修整工程涉案官员高达数十人，某种程度上变成了一次狂欢盛宴，在这种情况下不可能毫无风声走漏，最起码作为该工程在南京户部、南京工部的主管官员，衷贞吉和朱天球没有道理一问三不知。
“臣恐其非不知，知而不敢言也。”——我看他们不是不知道，只是知道了也不敢说罢了。
不知道，这还可以说是一时失察，虽然也该罚，但毕竟尚有可谅之处。知道了却不敢说，这在道理上就没有什么可以转圜的了，毕竟性质上已经起了变化。你自己的正管你都不敢管，你不是尸位素餐是什么？
然而，海瑞这弹劾却让朱翊钧感到有些棘手。不错，从道理上来说，他们两个作为该工程的主管官员，工程出了这么大的纰漏，无论怎么说都有责任。用高务实当年的话来说，就是“至少得有个领导责任”，你领导无方啊！
可是朱翊钧也不是新手村级别的皇帝了，这档子破事能被揪出几十号涉案官员来，可见已经达到一般而言“法不责众”的程度。
在那样的局面下，说实话他们两个自身没有涉案就已经挺难得了。奢望每个人都是海瑞，敢指着朝野上下衮衮诸公骂“你们全都不是男人”，这未免有些想得太多。
所以海瑞的指责没有问题，弹劾也非无凭无据，但要处理却不容易，即使是皇帝，也要照顾一下可行性。
照顾可行性不是说处理不了，皇帝当然可以说你俩该罚，想必就此罚了下去他俩也不会喊冤，但这样一来皇帝的形象就有问题了，一顶苛责臣工、刻薄寡恩的帽子怕是很难摘掉。
海瑞在弹劾中建议让他们两个冠带闲住，这肯定不是朱翊钧能答应的，可他思来想去，事情既然到了这一步，装聋作哑也不是道理。到了最后，朱翊钧只好下旨严斥，但在严肃批评了一顿之后，却只是给了个“罚奉半年，策励供职”的处罚决定。
谁说当皇帝就能为所欲为了？皇帝的权力虽然近乎无限，可皇帝要考虑的方方面面也多，尤其是对于名声而言。
一位从小接受儒家正统教育的皇帝，在很多时候、很多事情上面临最大的阻碍，就是他过不了自己这一关。
两位主管大臣的问题解决了，剩下的那些涉案官员就好办，朱翊钧对他们就没有太多的仁慈可讲，一一看过其涉案的证据之后，对海瑞的南察结语基本照准。
他看了看内阁的票拟，发现内阁也没有提出太多的质疑，只是对个别犯官的处罚略作了一些调整，比如有些被海瑞下结论应该回籍闲住的，到了内阁的建议这儿就变成了冠带闲住；原先是冠带闲住的，内阁就建议降调外任——南京官员相对于其他地方来说也算京官。
凡此种种，不一而足，大抵都是将海瑞的建议“大事化小”，但却没有“小事化了”。
朱翊钧心中一动，让陈矩去把南察应黜犯官们的籍贯履历整理了一番，发现果如他所料，其中绝大部分人都是南榜出身，平日里也都倾向于心学——心学官员或是实学官员，并不一定完全看籍贯，而“倾向”这种东西又不是印信腰牌，不可能一眼便看得出来，很多时候还得看该员的行事作风，在一些重大事件上表达的立场。
看了陈矩整理来的卷宗，朱翊钧才确信，心学官员在此次南察之中显然“吃了亏”。
他倒不怀疑海瑞故意拉偏架，毕竟这位老先生做事