南京军虽然极度想要救治感染疫病的平民同胞，但因为青霉素等药物十分宝贵，不得不采取了一定的“节制手段”。所有感染者和疑似感染者都被严格隔离，隔离区内用石灰进行反复消毒，每个隔离区外都设立一个露天火葬场，已死亡的感染者的遗体被集中统一焚烧掉，所有感染者和疑似感染者的随身物品也全部烧掉，同时再发动民兵和民工，全城捕杀老鼠等。
在这个过程中，发生了很多“军民冲突”事件。
《中华英雄报》报道：“...被日军驱赶入城的那两万多名平民里，根据检测和统计估算，约四分之一的人在入城前就已经感染了，换而言之，约五千人感染，另外一万五千余人并未感染，但是，五千感染者和一万五千未感染者是混杂在一起的，有的是感染者，有的是疑似感染者，有的是未感染者，部队的人力、物力、时间都严重不足，无法进行甄别筛选，只好把所有平民‘不分青红皂白’地都隔离起来，这就导致病菌在这两万人里得以迅速传播蔓延。对病菌和死亡的恐惧以及对艰苦和求生的渴望让大批的疑似感染者平民、未感染者平民情绪陷入巨大的激动中，每个隔离区内都有人发疯发狂地高喊‘我没有生病！别把我跟这些病人关在一起！他们会传染给我的！我要出去！放我出去！’他们抓着铁门，声嘶力竭地吼叫着，看管他们的军人虽然极度于心不忍，但铁石心肠地执行命令，不放过任何一个疑似感染者或未感染者离开隔离区，他们必须这么做，否则的话，病菌就要在南京城内全面地扩散开来了。实际上，很多传染病都是有潜伏期的，从几天到十几天不等，所以哪怕一些平民现在看上去非常正常，实际上他们的身体内已经有细菌了。而另一方面，从科学角度上讲，霍乱、伤寒、鼠疫、肺结核都是可以治疗的，虽然不一定肯定治好，但确实是有药品可以救治的（青霉素正是此时治疗肺结核的唯一有效药品），只不过，部队因为药品有限，需要供应给受伤军人，所以无法调拨出太多给染病平民。每个隔离区每天都有人发出绝望的惨叫声、苦苦的哀求声或乞求声，那是感染者在拼命地求救，他们喊道‘救救我！我不想死！求求你们了！’一些感染者的家属更是跪在地上不停地磕头、号啕痛哭着，还有的父母跪在地上哭喊道‘不救我可以，救救我的孩子’，哭喊声、求救声令人闻之心碎。是的，部队的药库房里确实有药品可以救治这些感染者，但没办法啊，南京现在处于战争时期，南京就是前线，战争需要军人，打仗需要军人，抵御日本侵略者需要军人，军人第一位，所以，在药品有限的情况下，只能优先给军人使用。两个人都生病，药品只有一份，两个人一个是平民一个是军人，战争时期，做出哪种选择才是明智的呢？答案是毋庸置疑的，虽然令人痛苦，令人极度良心难安，却是没有选择的选择。很快，平民们的情绪彻底地爆发了，他们愤怒地破口大骂，他们痛骂我们军人们，骂我们军人们害得本来没有染病的他们染病，骂我们军人们